Wichtigste chromatografische Methode der Reinheitsprüfung ist ebenso wie für die Identitätsprüfung die Dünnschichtchromatografie. Kieselgel ist auch hier die fast überall genutzte stationäre Phase. Plattengröße, Auftragemodus, Laufstrecke und Detektion entsprechen meist den bereits für die Identitätsprüfung beschriebenen Prinzipien. Da hier die Methode der Reinheitsprüfung dient, dürfen in den Chromatogrammen bestimmte Substanzen nicht vorhanden sein. Es wird also auf Abwesenheit bestimmter Banden geprüft (im Gegensatz zur Identitätsprüfung: dort Anwesenheit).
Neben der Dünnschichtchromatografie ist in einer Reihe von Monografien (von fetten und ätherischen Ölen) die Gaschromatografie als Methode der Reinheitsprüfung vorgeschrieben. In den Monografien findet sich die Methode unter dem Titel "Chromatografisches Profil". Die Chromatografie erfolgt hier insbesondere unter Verwendung von Kapillarsäulen mit einer Länge zwischen 30 und 60 m.
Der Umstand, dass die Gaschromatografie als Methode zur Reinheitsprüfung vom Arzneibuch vorgeschrieben ist, verdeutlicht ein weiteres Prinzip der Prüfung von Ausgangssubstanzen in Apotheken. Prinzipiell sind die Apotheken verpflichtet, sämtliche Substanzen entsprechend der Monografien des DAB zu prüfen, also von der Identitätsprüfung bis zur Gehaltsbestimmung sämtliche Prüfungen durchzuführen. Nun handelt es sich bei der Gaschromatografie jedoch um eine bereits sehr kostenintensive Methode, die unter dem Gesichtspunkt der Wirtschaftlichkeit in Apotheken kaum zu realisieren ist. Der Umstand, dass auf diese Methode vom Arzneibuch dennoch nicht verzichtet wird, ist darin begründet, dass der Gesetzgeber eine vollständige Prüfung in Kontrolllaboratorien außerhalb der Apotheke zuläßt. Besitzt eine in der Apotheke eingehende Substanz ein entsprechendes Prüfzertifikat, welches Reinheit und Gehalt der Ware garantiert, ist lediglich die Identität zu prüfen.

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